وفي الباب الرابع نرى المؤلف يتحدث عن « الأجسام الطبيعية ومقوماتها وأحكامها » وتناول في الفصل الأول مقومات الجسم الطبيعي وما يندرج تحته من أحكام عامة . وفي الثاني يذكر العناصر وأحوالها من حيث حالة الافراد . وفي الثالث يتحدث عن حال هذه العناصر عند امتزاجها وتركبها . ثم يتناول في الرابع الكلام على الكائنات التي يكون حدوثها من العناصر دون تركيب . وفي الخامس يتحدث عما يتكون من العناصر بتركيب منها . وفي السادس يثبت المحدد للجهات ولوازمه . وفي السابع يتحدث عن سائر الأفلاك والكواكب . ويتحدث المؤلف في الباب الخامس عن النفوس وصفائها واثارها ، وكأنه هنا يتدرج من الحديث عن المحسوس إلى غير المحسوس . فهو يتناول في الفصل الأول اثبات وجود النفس كخطوة أساسية . وفي الفصل الثاني يتحدث عما يظهر في النفس من القوى النباتية . وفي الثالث يدرس قوى الحس والحركة الإرادية . وفي الرابع يذكر القوى الخاصة بالانسان والتي لا تعلم حاصلة لغيره . وفي الخامس يدرس المنامات والوحي والالهام والمعجزات والكرامات والآثار الغريبة الصادرة عن النفس ودرجات العارفين ومقاماتهم وكيفية ارتياضهم . وفي السادس يتكلم على أبدية النفس وأحوالها بعد فساد البدن . وفي السابع يتناول بالحديث ما أسماه النفوس السماوية . وفي الباب السادس ، يتحدث المؤلف عن العقول وآثارها في العالم الجسماني والروحاني . فهو يذكر في الفصل الأول أن العقل هو مصدر وجود النفوس كلها . وفي الثاني يتحدث عن دور العقل في اخراج النفوس في تعقلاتها من القوة إلى الفعل . وفي الثالث بيان اسناد مالا يتناهى من الحركات والحوادث إلى العقل . وفي الرابع كيفية كون العقل مصدرا للأجسام . وفي الخامس يوضح ان التشبه بالعقل هو غاية الحركات السماوية . وفي السادس يشرح كيف ان العقل يجب أن يكون حيا مدركا لذاته ولغيره . وفي السابع تعليل لكثرة العقول . وفي الباب السابع يتحدث المؤلف عن واجب الوجود ووحدانيته ونعوت جلاله وكيفية فعله وعنايته . ففي الفصل الأول يتحدث عن اثبات واجب الوجود لذاته .